乳腺癌是女性最常见的癌症。过去几十年中，乳腺癌发病率在发达国家和发展中国家均呈上升趋势。科学家正在更全面地研究这种疾病，但仍存在尚未得到解答的疑问。得益于在微生态领域的长期积累和优势，梅里埃营养科学的Biofortis临床研究中心，基于IMODI合作平台，在法国里昂及第戎的两家医院招募了共112名女性乳腺癌患者，以观察局部乳腺癌患者在初次确诊时的肠道微生物群组成。

此次研究招募的患者队列的年龄中位数为53.5岁[年龄范围：27-78]，有59%的患者处于更年期。其中，2％患者体重过轻（BMI < 18.5kg /m²），52％体重正常（18.5 ≤ BMI ≤ 24.9），22％超重（25 ≤ BMI ≤ 29.9），还有24％肥胖（BMI ≥ 30）。乳腺癌的临床分期分布为：3％0期、10％I期，48％IIA期，21％IIB期，14％IIIA期，0％IIIB期和3％IIIC期。

研究使用MiSeq System对粪便样本的16S rRNA V3-V4区域进行测序，并使用内部生物信息管道对粪便样本中所检测到的菌群做了门和科等级的分类学分类，且用内部分析平台计算相对丰度（relative abundances, ％），多样性（Shannon index）和丰富度（rarefied Chao index）。

研究结果发现，菌群多样性和丰富度之间存在显著的正相关（r²= 0.661；p <0.0001）。菌群多样性和丰富度均未受体重指数或绝经的影响，但癌症晚期（IIIA期，IIIB期，IIIC期）相较于癌症早期（I期，IIA期，IIB期）在这两项指标上有所增加，且在菌的分子亚型上有所不同。患者菌群在门（phylum）上的丰富程度相似，其中以拟杆菌门（Bacteroidetes）（38％）和厚壁菌门（Firmicutes）（52％）为主。软壁菌门（Tenericutes）和叶状菌门（phyltisphaerae）在体重指数较高的患者中更高（分别为p = 0.060和p = 0.091）。此外，正常人的真杆菌科（Eubacteriaceae）显著高于肥胖患者（p = 0.005），而假单胞菌科（Pseudomonadaceae）显著低于肥胖患者（p = 0.016）。

与未绝经患者相比，绝经患者的变形菌门（Proteobacteria phylum）水平更高（p = 0.076）。此外，绝经患者的微球菌目（Micrococcaceae family）往往较高（p = 0.060）。根据分子亚型，互养菌门（Synergistetes）（p = 0.0533）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（p = 0.072）在三阴性乳腺癌患者中比在管状A型癌症患者中更高。在IIB期患者中，氨基酸球菌科（Acidaminococcaceae）（p = 0.020）的比例显着高于IIA期患者中的比例。相反，IIB期的去氟维霉菌科（Defluvitalaceae）（p = 0.012），肠球菌科（Enterococcaceae）（p = 0.045）和丙酸桿菌科（Propionibacteriaceae）（p = 0.034）明显低于IIA期患者。

本次乳腺癌患者队列中显示了粪便微生物群谱会随某些临床参数而变化，而微生物菌群与饮食之间的潜在相互作用及更多的研究分析仍在进行中。尽管本次研究的样本量相对较小，但其对未来的相关实验设计可提供启示性参考作用。在未来，样本量更大的研究可使我们对乳腺癌患者及其菌群参数有更深入的理解。敬请期待后续的成果发表。

IMODI（Innovative Models Initiative Against Cancer），为开发癌症的临床前期预测模型的法国联盟组织，其由18家研究机构、大学、医药企业和生物科技公司组成，成员包括法国国家健康与医学研究院（Inserm）、法国国家科学研究中心（CNRS）、斯特拉斯堡大学、赛诺菲、Ispen、梅里埃营养科学等。该联盟旨在通过研究不同癌症的在人体内的特征与特性，希望在癌症形成初期能尽早地通过有象征性的指标进行诊断，且寻找最有效、最具有针对性的抗癌治疗方法。在开发模型的阶段，IMODI的主要研究内容之一便是深入了解癌症患者体内的微生物菌群。